Ces dépenses sont de nature très variées puisque la mission a recensé près de 400 dispositifs  déployés par ces opérateurs visant à faciliter la définition de stratégies territoriales ou la réalisation de projets locaux de toute nature, par une aide financière (co-financement d'un chef de projet ou recours à un bureau d'études privé...) ou des prestations (réalisation d'un diagnostic, assistance à la réalisation...).

Compte tenu de cette dispersion, leur coût de gestion est élevé, puisqu'il se monte à 55 M€ soit plus d'un quart de la dépense totale estimée à 200 M€ en 2024. De plus, l'offre, développée en silo à l'échelle nationale, est marquée par une forte redondance et une absence de coordination avec l'offre d'ingénierie locale existante, tant publique que privée. Cette dernière s'est pourtant développée fortement depuis la décentralisation, à tous les échelons territoriaux. La dépense totale de 200 M€ d'ingénierie des opérateurs de l'État doit ainsi être rapportée aux 7,7 Md€ que les communes et EPCI ont consacré en 2023 à leurs achats d'ingénierie. Au final, l'offre d'appui des opérateurs de l'État apparaît très peu lisible pour les maires concernés qui ont été près de 7 200 à répondre à un questionnaire de la mission. Seulement 10 % des maires jugent l’offre des opérateurs de l’État accessible ou pertinente, alors qu'ils plébiscitent une ingénierie de proximité, plus réactive et adaptée, avec laquelle les dispositifs nationaux peuvent entrer en concurrence.

Au regard de ce diagnostic, la mission propose trois scénarios de rationalisation. Le premier vise la suppression partielle ou totale des programmes d’aide à l'ingénierie les plus généralistes, portés par l’ANCT (économies de 22 M€ à 55 M€). Le deuxième prévoit l’arrêt des programmes d’ingénierie de ces trois opérateurs nationaux, avec réaffectation partielle de leurs moyens vers certains départements identifiés comme moins bien dotés en ingénierie locale, pour une économie nette de 125 M€. Le troisième acte la fin complète de l’ingénierie territoriale des opérateurs d’État, recentrant leur action sur l’expertise stratégique, pour une économie de 200 M€.

La mission recommande également une clarification de la gouvernance nationale. Tout d’abord un pilotage plus cohérent des opérateurs par les ministères de l'aménagement du territoire et de la transition écologique, ceux-ci devant s'appuyer sur les orientations d'une politique nationale d'aménagement du territoire ; une simplification et une rationalisation des dispositifs de planification ; et enfin un renforcement du pilotage territorial par les préfets, fondé sur les principes de subsidiarité et de complémentarité aujourd’hui souvent méconnus.