Les constats de la mission reprennent ceux de la Cour des comptes en matière de gouvernance et de gestion, mais interrogent également les principaux objectifs et actions du plan, qui n’ont, jusqu’à présent, pas été évalués ni fait suffisamment la preuve de leur efficacité, comme les dispositifs d’accompagnement des agriculteurs. Pourtant, les ressources mobilisées pour le plan Écophyto (643 M€ en 2019) sont bien supérieures à celles du seul programme financé par la redevance pour pollutions diffuses (41 M€ au niveau national et 30 M€ au niveau régional) mais ne peuvent à elles seules contrebalancer certaines orientations des politiques agricoles nationales et européennes.
La gouvernance stratégique du plan n’est pas suffisamment concentrée sur la mise en cohérence des politiques publiques. La mise en œuvre opérationnelle du programme annuel est fragilisée par l’absence d’un réel « chef de projet », entraînant ainsi l’approbation tardive de la programmation annuelle. La gestion financière n’est pas attribuée aux responsables des actions du programme, mais à des opérateurs dont les missions ne sont pas centrées sur Écophyto. Le manque d’articulation entre les volets national et territorial du programme est reconnu.
Si le plan a démontré qu’une réduction de l’usage des PPP est possible et, dans certaines conditions, compatible avec le maintien du revenu agricole, aucune des actions menées jusqu’à présent dans le cadre du plan ne semble susceptible d’entraîner la massification de ces démarches de substitution aux PPP, à l’exception du développement de l’agriculture biologique.
Convaincue de la place du plan Écophyto dans la transformation de l’agriculture, la mission formule des recommandations pour améliorer la gouvernance, la mise en œuvre du programme et l’évaluation des actions soutenues. La mission recommande également de définir une nouvelle trajectoire à dix ans de réduction des PPP cohérente avec la nouvelle politique agricole commune (PAC) et l’ensemble des politiques conduites aux plans européen et national.